Чернокорень лекарственный используют в народной медицине для приготовления отваров, настоев, настоек, получения сока и других лечебных препаратов. К примеру, отвар и настой листьев и корней растения применяют при судорогах, простуде, кашле, поносах, дизентерии, различных воспалениях, артритах, ревматизме, а также как хорошее противовоспалительное, болеутоляющее, отхаркивающее и кровоостанавливающее средство. Настой надземной части растения применяют (внутрь) при дизентерии, утероптозе, кишечных коликах, лёгочных, кишечных и желудочных кровотечениях, обычных и кровавых поносах. Свежие измельченные корни чернокорня прикладывают к переломам для ускорения сращивания костей, к фурункулам – для очистки от гноя, а также применяют в виде примочек при ожогах, трофических язвах, укусах змей. При воспалительных заболеваниях кожи, язвах, ушибах, ранах, порезах, опухолях, жировиках, кондиломе ануса, скрофулезе, ожогах, фурункулах, укусах бешеными животными, змеями, при нарывах, от ломоты в костях также рекомендуют (наружно) отвар и настой корней в виде местных ванн, компрессов и обмываний. В домашней дерматологии лечебные ванны из настоя корней и листьев чернокорня лекарственного применяют при зудящих дерматозах, экземах и нейродермитах. Для стимулирования роста волос при облысении рекомендуют наносить на волосистую часть головы кашицу из свежих корней растения. При тотальном облысении также можно втирать в кожу головы настой корней чернокорня лекарственного.