Целебные свойства льнянки обыкновенной довольно широко и издавна применяются в народной медицине многих стран. В народной медицине с положительным эффектом применяется отвар, настой, настойка и даже чай из травы льнянки при одышке, водянке, головной боли, головокружении (сопровождаемом рвотой), при болезнях мочевого пузыря и ночном недержании мочи, геморрое, диатезе, анемии, цистите, мочекаменной болезни, аскаридозе, начальных стадиях гипертрофии предстательной железы, а также для лечения подагры (для большей эффективности льнянку смешивают в равных пропорциях со спорышом). При геморрое препараты льнянки обыкновенной употребляют внутрь, но чаще наружно, особенно при геморройных шишках. Кроме того, при геморрое настой травы льнянки назначают на ночь в виде микроклизмы. Отвар из травы льнянки на молоке используют для компресса на геморроидальные узлы. Настой травы льнянки обыкновенной весьма полезен при запорах и вздутиях кишечника как легкое слабительное, а также при кашле как хорошее отхаркивающее средство. Отвар семян льнянки обыкновенной применяют как слабительное и желчегонное средство. Настой льнянки обыкновенной используют для улучшения работы желудка, особенно кишечника, избавления от газов при метеоризме, усиления выделения желчи, мочи, пота, лечения воспалительных процессов дыхательных путей, а также конъюнктивита (для промывания больных глаз). В народной медицине отваром травы полощут горло при ангине, настоем травы на теплой воде делают примочки при грибковых заболеваниях, лишаях, золотухе и желтухе.
Льнянка обыкновенная находит применение во многих медицинах, например в тибетской медицине льнянку используют при отечности суставов, рекомендуют компресс на больной сустав и настой травы внутрь. В немецкой народной медицине траву льнянки обыкновенной применяют для лечения воспаления почек, мочевого пузыря и при задержке мочеиспускания.
Льнянка обыкновенная довольно широко используется в домашней дерматологии и косметологии в виде мази, настоев и отваров на теплой воде и молоке для обмываний, втираний, компрессов, примочек, ванночек и сидячих ванн (при геморрое, иногда мазь из свежего сока зеленой травы на ланолине), различных кожных высыпаниях, грибковых заболеваниях, экземе, псориазе, золотухе, желтухе, ранах, язвах, лишаях, дерматитах, бородавках, полипах, фурункулах, угрях, сыпи, гнойниках, а также для мытья головы при зуде, перхоти, а также выпадении и для лучшего роста волос.