Растение харонга мадагаскарская - небольшое кустообразное дерево, высотой обычно от 4 до 7 см, но иногда может достигать и 25 м в высоту. От цилиндрического, всегда раздвоенного стебля отходят ветви. Крона дерева золотисто-зеленая. Кора бордовая, имеет продольные вертикальные трещины. При отделении коры от ствола выделяется флуоресцирующая смола, которая собирается в пазухах. В период покоя или болезни дерева смола не выделяется. Листья простые, супротивные, сидят на черенках длиной 1,5-3 см. Имеют яйцевидную, сужающуюся к верхушке форму. Листовые пластины 6-20 см с глянцевой верхней частью и покрытой звездчатыми волосками нижней. Молодые листья отличаются коричневой внутренней поверхностью. Цветки маленькие (5-6 мм), двудомные, белого или кремового цвета, источают миндальный аромат. Чашелистики в темно-красную или коричневую точку. Тычинки сросшиеся в пять пучков (по 2-3 в каждом), иногда встречаются единичные, несросшиеся. Завязь пестика покрыта темными пятнами, а венчик и чашечка короткими оранжевыми волосками. Плоды харонги мадагаскарской похожи на ягоды, отличаются твердой поверхностью, покрытой железистыми точками и полосами. Они зеленовато-оранжевого цвета, при созревании становятся красными. Плоды растения несъедобны. Семена харонги имеют широко лопатчатые семядоли с краями, усыпанными темными эфирномасличными железками и длинный, тонкий черешок.