Лечебные свойства мандрагоры были известны человечеству с древнейших времен, одновременно с этим ширилась мистическая слава растения. Гомер описывал, как дымом от горящих корней мандрагоры окуривали эпилептиков. Древнегреческая волшебница Цирцея превратила спутников Одиссея в свиней, опоив их отваром мандрагоры. Мандрагора же была одним из растений, приписываемых богине любви, Афродите. Кусочки ее корней выступали в качестве любовного амулета. Гиппократ считал, что растение, если применять его в малых дозах, способно излечить депрессию, тоску и страх. «Отец ботаники» - Теофраст – описывал снотворное действие мандрагоры, при этом ученый не преминул упомянуть о том, что передозировка может привести к смертельному исходу. С античных времен растению приписывали свойства афродизиака, а также считали, что оно способно излечить от бесплодия. Авиценна рекомендовал давать «слезы» мандрагоры, растворенные в вине, перед полостными операциями. «Слезы» - то есть сок, выжатый из корней растения, вводил пациентов в бессознательное состояние, выступая одним из первых анестезирующих средств. Этим же соком великий врач предлагал лечить кровоподтеки и сводить веснушки.
В Средние века мандрагора получила славу «ведьминого корня». Адепты черной магии использовали ее настои, чтобы лишить людей рассудка, колдуньи подливали ее сок в напиток соперницам, дабы лишить их красоты. Выкопанная под виселицей мандрагора должна была сделать своего владельца неуязвимым для холодного оружия, помочь найти клад и предсказать будущее. Вырезанная из корня мандрагоры фигурка, альраун, при соблюдении определенных ритуалов, приносила несказанную удачу. Это растение считалось одним из обязательных атрибутов шабаша. При этом «ведьмин корень» рекомендовали использовать в лечебных целях и воцерковленные травники. Так, аббатиса Хильдегарда, основавшая в XII веке собственный монастырь, а после смерти причисленная к лику святых, предлагала класть корень мандрагоры в ручей, дабы ключевая вода смыла с растения «злость и противное». После этого ритуала мандрагора становилось пригодной для лечения различных болей. Описана мандрагора и в Библии. «Мандрагоровые яблоки», то есть плоды растения, помогли Лии и Рахиль зачать ребенка от Иакова. Травники предлагали лечить толченым корнем растения слоновую болезнь, больные суставы, карбункулы. Знахарки употребляли мандрагору в качестве абортивного средства. Шаманы использовали галлюциногенные свойства корней растения, чтобы отправиться в путешествие в другой мир.