Белозор болотный нашел широчайшее применение в народной медицине. Измельченную свежую траву используют наружно, прикладывая к свежим и гнойным ранам. При конъюнктивите и блефарите применяют примочки из настоя корней и травы белозора болотного. Настой растения принимают при неврозе сердца, тахикардии, эпилепсии, судорогах, истерии, головной боли и бессоннице, как укрепляющее средство в послеродовый период. Лечат им ослабленную сердечную мышцу, снимают слишком частые ее сокращения. Травники прописывают настой белозора при воспалении легких, туберкулезе, различных заболеваниях верхних дыхательных путей и желудочно-кишечного тракта, при коликах, воспалении тонкой кишки, болях в желудке и кишечнике, при различных простудных заболеваниях. Он является эффективным средством при цистите, нефрите, уретрите, моче- и желчекаменной болезни, гонорее, воспалении печени и желчного пузыря, кровохарканьи и кровотечениях. Экстракт белозора болотного принимают при ревматоидных болях, болях в пояснице, как родовспомогательное средство, при опущении матки и желудочно-кишечных коликах. Предполагается, что настой белозора болотного эффективен в лечении рака желудка. Семена белозора болотного рекомендуют при мочекаменной болезни, заболеваниях нервной и сердечно-сосудистой систем, верхних дыхательных путей.