Подмаренник настоящий находит широкое применение в народной медицине. Свежую траву измельчают в кашицу и применяют наружно в качестве кровоостанавливающего и ранозаживляющего средства. Такие примочки эффективны при нарывах, сыпи, кожных заболеваниях. Растертая с жиром, сливочным маслом, трава подмаренника настоящего превращается в мазь, используемую при различных нарывах, язвах, ожогах и золотухе. Высушенный и измельченный подмаренник используют в качестве присыпки.
Настой травы также используют в качестве кровоостанавливающего средства, им лечат геморрой, носовые кровотечения, а также болезненные и чересчур обильные менструации. Настой подмаренника настоящего применяют при дизентерии, поносах, при коликах и рези в желудке, им лечат гастриты, эндометриты, используют в качестве мочегонного средства при отеках, мочекаменной болезни, нефритах. Как болеутоляющее настой травы эффективен при головных болях и подагре. В качестве противовоспалительного и противолихорадочного средства настой также употребляют при ангине, воспалении легких, пневмонии, туберкулезе, бруцеллезе и желтухе. При эпилепсии и конвульсиях настой является противосудорожным средством. Как седативное его дают больным во время приступов неврастении и истерии.