У раффлезии отсутствуют стебли, листья и нет органов, где бы происходил процесс фотосинтеза. Необходимые для существования вещества растение получает из ткани растения-хозяина посредством корней-присосок.
Части проростка раффлезии, не прикрепившиеся к растению-хозяину, через какое-то время отмирают. Считается, что семена раффлезии, подобно семенам хорошо изученных растений-паразитов из семейства Заразиховые, пробуждаются к прорастанию под воздействием выделений потенциальных растений-хозяев.
В тканях растения-хозяина раффлезия распространяется в виде клеточных тяжей, которые похожи на грибные гифы.
Цветки раффлезии растут по одному, как правило, на корне лианы-хозяина, но иногда и на стебле. Наружу цветки выходят сквозь разрывы на покровных тканях растения-хозяина. По размеру они крупные, минимум 20-30 см у раффлезии Патма (лат. Rafflesia patma), максимум – больше метра у раффлезии Арнольда (лат. Rafflesia arnoldii) или раффлезии Туан-Мудэ (лат. Rafflesia tuan-mudae).
Над завязью, в находящейся там массивной колонке, соединены андроцей и гинецей. Сверху колонка больше, чем у основания, ее верхняя часть называется диском. Как правило, диск покрыт небольшими выростами. Простой, чашечковидный околоцветник состоит из пяти мясистых листочков толщиной около 3 см, которые срастаются снизу. Уникальность околоцветника Раффлезии в том, что он по-особому разрастается и образует диафрагму, нависающую над диском и частично закрывающую его края.
Пыльники располагаются ниже краев диска, они погружены в индивидуальные углубления. В каждом пыльнике есть несколько гнезд, которые раскрываются через верхушечные поры. Пыльцевые зерна имеют по три-четыре бородки. Пыльца собирается в комки, которые соединены слизистым веществом.
Завязь нижняя, ложно многогнездная. Она образована в результате разрастания постенных плацент, закладывающихся в виде пластинок, а после образующих многочисленные срастания.
Чаще всего цветки раффлезии обоеполые. Но некоторые виды являются полигамными растениями, помимо обоеполых цветков у них встречаются мужские цветки.
Опыляются цветки насекомыми, преимущественно лесными мухами. Их привлекает яркий вид и своеобразный запах разложения. Вначале насекомые садятся на диск, а затем проваливаются в кольцевую борозду, где расположены пыльники.
Развивается раффлезия достаточно медленно, до появления первых бутонов с момента высева семени проходит около трех лет, а чтобы бутон собрался в цветок, ему необходим еще год-полтора. Сам цветок функционирует недолго, примерно трое-четверо суток, а после этого начинает разлагаться. После этого формируется новая завязь, которая развивается около семи месяцев, а позже появляется плод.
Плоды раффлезии ягодообразные и содержат пульпу, вязкую массу. В ней находятся мелкие семена. Зародыши семян недифференцированные, с маслянистым эндоспермом. В одном плоде может содержаться от двух до четырех миллионов семян.
Способы распространения семян до конца не изучены. Ученые предполагают, что они разносятся крупными и мелкими животными, к конечностям которых прилипают раздавленные плоды, а также насекомыми.